Потонувший в злочинності Нью-Йорк потребує героїв, тому що ні політики, ні поліція вже не служать на благо народу. Практично всі важливі міські структури перебувають під залізним кулаком такого собі Шредера. Злодій є керівником угрупування під назвою Клан Ноги, який ніхто не може зупинити. Несподівано жителі Великого Яблука знаходять порятунок в особі чотирьох братів, вишляд яких багатьом може здатися моторошним і неприємним. Щоправда, мало хто знає хто вони і звідки взялися, враховуючи що герої ховаються в лабіринті каналізацій. Разом з репортером Ейпріл О\'Ніл черепашки-ніндзя просто зобов\'язані зруйнувати всі жорстокі і несправедливі плани Шредера.
Пройшовши не такий вже довгий шлях від ідеї про запуск нової екранізації коміксів про черепашок-ніндзя до виконання задуманого, проект все ж запускався не без труднощів. Права на створення нової трилогії, а було спочатку задумано три фільми по всесвіту про мутантів у панцирах, студія Nickelodeon придбала в жовтні 2009 року. Через деякий час було вирішено залучити до виробництва Майкла Бея. Режисер в результаті так і залишився продюсером стрічки, хоча змінив первинні плани на деякі сюжетні ходи в "Підлітки-мутантіи. Черепашки-ніндзя". Ще на перших порах розгляду історії, він заявив, що четвірка героїв матиме інопланетне походження, що вельми розлютило затятих фанатів. При цьому над сценарієм працював сам Кевін Істман, творець оригінальних коміксів. Крім того, прем\'єрний рік стрічки "Підлітки-мутанти. Черепашки-ніндзя"припадає якраз на тридцятиріччя самих героїв.
Головним і першим кандидатом на роль режисера фільму був Бретт Ретнер ("Червоний Дракон", "Час пік"). Перша, кодова назва фільму звучала як "4SQ" (Четвірка в квадраті). Про те, що буде все ж три фільми про черепашок-ніндзя підтверджують і слова Вільяма Фіхнера, який заявив про підписаний контракт на три фільми.