В основі фільму «Кібер привид» лежить популярна науково-фантастична манґа про жіночий кіборг-спецназ, який керує групою під назвою «9-й Відділ». Завдання відділу – зупинити найнебезпечніших злочинців та екстремістів на чолі з ворогом, чия мета знищити досягнення Hanka Robotics в сфері кібертехнологій.